بد نيست بدانيم که مضجَع منوّر حضرت رضا(ع) با کفِ فعلی اطرف ضريح مطهر هم‌سَطح نيست، بلکه پايين‌تر از آن قرار دارد.
دليلش هم اين است که در ابتدای دفن پيکر حضرت در بقعه هارونی، حرم مطهر به صورت بنايی بسيار ساده بود که تنها يک ورودی در پيشِ روی مبارک و آرايه‌های بسيار ابتدايی مناسبِ همان روزگاران داشت، و بالای قبر هم قبّه‌ای ساخته بودند و اطراف آن کاملاً خالی از سکنه بود. نزديک‌ترين آبادی به آن، «نوغان» بود که به نوشته «اربلی» در کتاب «کشف‌الغمه» زنی از اهالی آن‌جا روزها به خدمت مقبره می‌پرداخت و شب‌ها در را می‌بست و به نوغان می‌رفت.
چون در طول سال‌ها، اطرف اين قبّه و بارگاه تسطيح شد و در آن بناهايی فراز آمد، صورت قبر مطهر در سطحی حدود دو متر گودتر از فضای پيرامون خود قرار گرفت، و اين گونه بود که از شمال آن، يعنی جايی در قسمت شمالی مسجد بالاسر فعلی، راهرويی برای رفتن به کنار مضجع منوّر تعبيه شد.
اندک اندک صورت قبر هارون در پايين‌پای حضرت و صندوق چوبی روی آن که ابن‌بطوطه هم از آن ياد می‌کند، از بين رفت، و در سال‌های قرن هشتم هجری، همزمان با جنبش سربداران و چيره شدن آنان بر توس، در فضای آن‌جا تنها سنگ مطهر مضجع امام رضا(ع) مشخص بود.
در سال 1311 يعنی در روزگار نيابت توليت محمد ولی اسدی، که قرار شد صندوق چوبیِ روی قبر مطهر با صندوقی از جنس مرمر تعويض شود، مرحوم حسين‌خان حجّارباشی زنجانی، سنگ مرمر زيبايی را در معدن شانديز کشف کرد و با هزينه خود به تراش و آماده‌سازی آن پرداخت و با کسب موافقت مقامات وقت توليت آستان قدس، برنامه جابه‌جايی آماده شد، اما چون با رفتن به درون سرداب متوجه شدند که ديوار و سقف آن در طول زمان بر اثر رطوبت آسيب ديده است، بنا را بر اين گذاشتند که با دعوت از علمای بزرگ آن روز و گروهی از مردان خوش‌نام شهر و کارگزاران دولتی، موضوع ترميم خرابی‌های سرداب را به رايزنی گذارند؛ بدين منظور شماری از بزرگان از جمله حضرات آيات حاج آقا حسين قمی، سيد صدرالدين صدر، ميرزا احمد کفائی خراسانی و رجال نامور شهر مانند قائم‌مقام رضوی با جامه سفيد وارد سرداب مطهر شدند و تصميم بر آن شد که همزمان با برنامه تعويض صندوق، ديواره‌های سرداب نيز ترميم شود... و چنين شد.
در سال 1338 شمسی، و در روزگار نيابت توليت محمد مهران، که قرار شد ضريح قديمی، با ضريح طراحی‌شده به دست مرحوم حافظيان معروف به «ضريح شيروشکر» (ضريح چهارم)، تعويض شود، چون پايه‌های ضريح از روی سکّو ردّ می‌شد و پايين‌تر از راهروِ ورودی از سمت مسجد بالاسر قرار می‌گرفت، به‌ناچار، راه سرداب از طرف مسجد با ديواری مسدود گرديد و با تعبيه دريچه کوچکی در سمت پايين‌پا راهی به سرداب گشوده شد.
يکی از معماران حاضر در آن عمليات ساختمانی، اظهار می‌دارد که برای آماده‌سازی مَلات احداث ديوار، از ترکيب سيمان و ماسه و گلاب استفاده شد و تمام خشت‌های به‌کاررفته در ديوار را با محلول گلاب شست‌وشو داديم.
آخرين و مهم‌ترين بازسازی در سال 1379 و همزمان با نصب «ضريح سيمين و زرين» جديد (ضريح پنجم) صورت گرفت، بدين گونه که طی عمليات ساختمانی دشواری، در حالی که حضور زائران نيز تعطيل نشده بود، تمام فضای زير ضريح مطهر خالی شد و برای مهار فشار خاک‌های اطراف، يک قاب بتونی در اطراف سرداب ايجاد گرديد، سپس تمام سنگ‌های قديمی روی مضجع منور تا رسيدن به سنگ اصلی، برچيده شد و روی آن بتون‌ريزی گرديد. راه ورودی آن هم از قسمت پايين‌پای مبارک به يک هشتی، در رواق دارالاجابه تغيير يافت و از آن‌جا راهرويی به طول 14 متر آراسته به کاشی و آينه، و با تعبيه هشت پله به سرداب گشوده شد. اين هشتی که پنجره‌ای نقره و سقفی نيم‌گنبدی دارد و ديواره‌های آن به سبک جديدی، روی پارچه مخمل آينه‌کاری شده، نزديک‌ترين نقطه به مضجع منّور امام رضا(ع) است.
يکی از معماران حاضر در اين عمليات اظهار می‌دارد که پيش‌تر شنيده بوديم که در زير ضريح مطهر، سردابی پر از آب و ماهی است، اما وقتی برای بازسازی به آن فضای معنوی رفتم، چيزی جز نور نديدم.
اکنون سرداب مبارک حضرت ثامن الائمه علی بن موسی الرضا عليه‌السلام، شش متر و بيست سانتيمتر ارتفاع، شش متر و سی و چهار سانتيمتر عرض و هشت متر و شانزده سانتيمتر طول دارد و کف آن با سنگ مرمر چهارگوش مفروش است و ديواره‌های آن با نور مخفی روشن شده است. مضجع منوّر را نيز تا نزديک سقف سرداب بالا آورده‌اند و ضريح فولادی مرصّع معروف به «نگين‌نشان» (ضريح دوم) را روی آن گذاشته‌اند