هنگام تهديد مأمون به پذيرش خلافت

بارالها!
تو مرا از اين که خود را به هلاکت بيفکنم بازم داشتى،
در حالى که نزديک بود کشته شوم، آن زمان که ولايتعهدی‌اش را نمى‌پذيرفتم. (در پذيرش ولايتعهدى) ناخشنود و ناچار بودم همچون يوسف و دانيال که ناگزير، ولايتعهدى سرکش زمانشان را پذيرفتند.

بارالها!
هيچ پيمانى جز پيمانت، و هيچ ولايتى جز از سوى خودت نيست، پس مرا براى برپا داشتن احکام دينت و زنده نگاه داشتن سنّت پيامبرت توفيقم ده،
همانا تو سرور و ياورى،
و تو بهترين آنانى.

در زمان ولايتعهدى

از ياسر خادم روايت شده: هنگامی که آن حضرت ولايتعهدى را پذيرفت، شنيدم در حالى که دست‌ها را به سوى آسمان بلند کرده بود، اين دعا را مى‌خواند:

بارالها!
اگر گشايشم از آنچه در آنم به مرگ است، پس در آن شتاب کن.
و همواره اندوهگين و ناراحت بود تا جانش گرفته شد.

قبل از شهادتش

از ياسر خادم روايت شده : امام رضا عليه‌السلام هنگامى که روز جمعه از مسجد جامع بازگشت، در حالى که بر چهره ايشان عرق و غبار نشسته بود، دست‌ها را بلند کرده و چنين خواند:

خداوندا!
اگر گشايش کارم از وضع کنونى با مرگ تحقق مى‌پذيرد پس مرگ مرا در همين ساعت برسان .
و همواره مغموم و ناراحت بود تا اين که به لقاء الهى پيوست .